Titre de la thèse : Identification des déterminants moléculaires du phénotype neuroendocrine dans le carcinome à cellules de Merkel
Lieu de la thèse : équipe INRAE ISP, Biologie des Infections à Polyomavirus, Tours ; co-direction : Antoine Touzé / Thibault Kervarrec
En lien avec nos travaux en cours sur l’histogénèse de ce cancer rare de la peau, l’objectif de ce travail de thèse est d’identifier les déterminants moléculaires de la transformation neuroendocrine dans le carcinome de Merkel, avec un enjeu physiopathologique (caractérisation des étapes précoces du développement tumoral) mais également diagnostique et thérapeutique (identification de nouvelles cibles thérapeutiques potentiellement utilisables en clinique).
En résumé, la thèse consiste à évaluer la présence des déterminants moléculaires potentiels mis en évidence par nos travaux antérieurs sur du matériel tumoral issu de patients puis à évaluer les modifications phénotypiques induites par ces facteurs sur des cultures de kératinocytes primaires et dans un modèle murin.
En pratique, la thèse comportera :
– analyse des molécules cibles dans une cohorte de 220 tumeurs CCM incluses en paraffine (TMA) par séquençage, hybridation in situ, immunohistochimie
– inhibition de molécules cibles dans des lignées de cellules épithéliales cutanées et de CCM (ARN interférence (shRNA), CrispR/Cas9) avec phénotypage par cytométrie en flux, immunohistochimie, et en collaboration pour les analyses du transcriptome,
– transduction de cultures primaires de kératinocytes humains avec constructions lentivirales (molécules cibles) de manière indépendante ou en combinaison, avec phénotypage
– évaluation des propriétés tumorigènes des cellules épithéliales transduites sur modèle murin NOD/SCID.